A especialidade de maratona engloba as disciplinas de Maratona, Longa Distância, Descidas e Esperanças.

A Maratona é uma das disciplinas que compõe a longa distância e dependendo do escalão poderá ter provas com uma extensão de 36km. Nesta especialidade o canoísta poderá ter que ultrapassar troços em terra ou outros obstáculos, conhecidos como portagens, onde o atleta após sair da embarcação terá de a transportar até entrar na água novamente. Nas maratonas as embarcações utilizadas são as mesmas que nas provas de regatas em linha e de fundo, podendo apenas ser mais leves. Estas são disputadas em águas calmas de rios ou lagos, embora os regulamentos admitam que possam ter alguma corrente ou ondas.

É comum os atletas recorrerem a meios que lhes permitam reidratar durante a competição, e a bombas de água que lhes permitem retirar a água que se acumula dentro da embarcação.

Foi nesta disciplina que Portugal promoveu os primeiros eventos Internacionais, começando em 1989 com a Crestuma World Cup, que tomou um lugar de grande destaque a nível internacional, indo hoje já na sua 39º edição.

É também nesta disciplina que o Clube de Canoagem de Amora atingiu excelentes resultados a nível Internacional, com atletas campeões do Mundo e da Europa, com destaque para João Bento em K1 júnior, Tiago Henriques K1 júnior e para Nuno Henriques e Ana Valentim em K1 e K2 Masters.

As provas de Esperanças, são promovidas para os escalões de Menores, Iniciados Infantis e Cadetes, com provas dos 2 aos 6 quilómetros em circuito. Em Portugal promove-se um Campeonato Nacional com três etapas ao longo da época desportiva.